战，他将率领教皇国和威尼斯舰队单独行动。几十年来，基督世界不断战败的刺激、教皇在宗教方面的巨大期待、欢呼的群众、招展的旗帜和庆祝活动、堂胡安闯劲十足的宣示，都推动了远征继续进行。正如当时的一位观察者所说，所有人“就像毒蛇被魔咒迷住一样”。在其他人的无声压力下，多里亚和雷克森斯也投票主张积极行动。
“并不是所有人都心甘情愿地同意作战，但都因为畏惧耻辱而被迫做出了这样的选择，”萨伏依舰队的司令官在他的日记里如此写道。
分歧无处不在，包括副司令多里亚仍然记着腓力二世的御旨，希望能够避免作战。会议决定，抵达科孚岛后再确定最终的目标。现在还有时间来阻止寻求交战的冲动，但舰队在墨西拿以东继续前进，使得堂胡安亲王的决策越来越难推翻。大军群情激昂。
可靠的情报是至关重要的。堂胡安派遣马耳他骑士希尔·德·安德拉达率领4艘快速帆船作为前驱和侦察部队，搜集情报。三天后，安德拉达带回了令人担忧的消息：土耳其人进攻了科孚岛，然后又返回了普雷韦扎。
大家都很担心，奥斯曼舰队或许正在分散，准备过冬。那天夜里，整个舰队的全体官兵扫视着夜空和黑暗的大海，目睹了一个天体现象，士气大振。一颗极其耀眼的流星划过夜空，爆炸分裂为三团烈火，拖出长长的轨迹。大家认为这是个吉兆。
但是随后天气恶劣起来；一连几天，舰队在暴风骤雨中艰难行进，风雨遮蔽了海平线，令舰船举步维艰。不过好在安德拉达的情报是正确的：土耳其舰队在一场极其成功的战役后撤出了亚得里亚海。骄傲的土耳其人占领了一些重要的堡垒，夺得大批战利品。
土耳其人在科孚岛劫掠了十一天，但在神圣联盟离开墨西拿的时候撤退了，转向南方，前往位于位于科林斯湾入口处的勒班陀基地，在那里观察战局，并等待伊斯坦布尔的命令。到9月27日，基督教舰队已经在科孚岛港口下锚。现在是做最后决断的时候了。
寻找敌人交战，还是暂停行动。威尼斯人看到他们的科孚岛的惨状，心情更加阴沉。奥斯曼帝国陆军的某些部队因为不能攻克敌人的要塞，又为漫长的作战而恼火，进行了放纵的施暴，并亵渎破坏了基督教神龛，这让意大利人的圣战热情高涨起来。10月初，神圣联盟舰队抵达了希腊海岸的伊古迈尼察。堂胡安对舰队作了最后一次检阅和调整。
事后证明，正是这次调整，改变了战争的结局。堂胡安按照从大明学来的海军编制，将所有的舰队重新编组，并进行了精确的调动。每名船长都完全掌握了作战计划。堂胡安在舰队中穿过，仔细地查看舰船的状况。他经过的时候，士兵们鸣枪敬礼。10月6日黄昏时，天气转晴。当晚天气非常晴好。
“上帝给了我们晴朗的天空和平静的大海，在春季天气最好时也不曾有过这样的天空和大海，”基督徒们回忆道。
第二天，即10月7日（星期天）的凌晨2点，他们的舰队正驶向帕特雷湾。在勒班陀港内，船锚的铁链被叮当作响地收起；奥斯曼帝国战船一艘艘地穿过海湾入口，离开了岸基大炮的保护。凌晨五点半，两只庞大的舰队遭遇，一场前所未有的大海战在帕特雷湾爆发……
10月19日，帕特雷湾大海战的捷报传遍了整个欧洲。钟声敲响，篝火点燃，教堂举行了礼拜仪式。大街上，陌生人之间也互相拥抱。商店店主们在门上贴了“为庆祝土耳其人之死而歇业”的告示，停业了一周。当局打开了债务人监狱的大门，释放因欠债而坐牢的人，并允许人们戴狂欢节面具，尽管这并不是狂欢节的季节。
人们在横笛伴奏下在火炬光亮中跳舞。描绘威尼斯得胜的华美的游行花车以及一长串身披枷锁的战俘在威尼斯的圣马可广场上经过。胜利的消息接踵而至，战争的各个主角对捷报的反应是不同的。根据传说，喜讯传来之前教皇就已经从上帝那里得到了消息。
据说在阿里帕夏在甲板上倒下的那一刻，教皇打开窗户，努力去辨认一个声响，然后转向室内的其他人，说道：“上帝与你们同在；现在不是处理事务的时间，而是向上帝
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