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此后，蒙哥帖木儿在宣德八年（1433年）八月遭到野人女真部落的袭击，寡不敌众之下与其长子阿谷一同遇害；宣德九年（1434年），明宣宗任蒙哥帖木儿同母弟凡察为都督佥事，代理建州左卫事（但没有授予建州左卫指挥使官职）。正统二年（1437年），蒙哥帖木儿次子董山（童仓）被授命为建州左卫指挥使，与其叔凡察共掌建州左卫。
正统七年（1442年）二月，因董山、凡察叔侄之间矛盾严重、争斗不已，为平息纠纷，同时也为了削弱建州女真实力，明朝再将建州左卫一分为二，另设‘建州右卫‘，以凡察为建州右卫指挥使，董山则继续为新“建州左卫”的指挥使。此时，,建州卫（阿哈出之孙李满住部）迁至浑河上游的苏克素浒河（今苏子河）流域居住，以赫图阿拉（今辽宁新宾县老城）为主城。后来建州左卫在董山、凡察的率领下也迁到这里，居于佛阿拉城（也在新宾县）。建州左卫析出建州右卫后，两卫以青龙岭（马儿墩岭）为界，各自驻守一边，‘建州三卫’至此全部建立。
成化三年（1467年），因为建州三卫首领李满住（建州卫指挥使）、董山（建州左卫指挥使）、纳郎哈（建州右卫指挥使）时常串联越边墙入寇，侵夺大明财物，明宪宗在忍无可忍之下，以征夷将军总兵官赵辅率军五万出边墙进剿建州女真三卫；九月，明军斩杀了建州卫指挥使、都督同知李满住及其子古纳哈，建州右卫指挥使、都督佥事纳郎哈一并被杀；建州左卫指挥使董山则被明军抓获，在押送途中因试图逃跑被杀，建州三卫被明军击杀者一千七百余人；这就是史书中所记载的“成化犁庭”。
李满住、董山、纳郎哈被明军诛杀后，在严密监视的前提下，明朝授予李满住之孙完者秃为建州卫指挥使、授予纳郎哈之叔阿哈达为建州右卫指挥使、授予董山长子脱罗为建州左卫指挥使。此后，建州左卫指挥使一职先后在脱罗、妥义谟（董山次子）兄弟之间传承；约在嘉靖元年至二十年之间（1522-1542年），脱罗、妥义谟的之侄福满（董山第三子锡宝齐篇古之子）承袭父辈留下来的官职，继任建州左卫指挥使，然后将建州左卫主城从从佛阿拉迁至赫图阿拉，和建州卫同居一城。
福满有六个儿子，分别是：德世库、刘阐、索长阿、觉昌安、包朗阿、宝实。迁居到赫图阿拉前后，福满生下六个儿子，即德世库、刘阐、索长阿、觉昌安、包朗阿、宝实。诸子逐渐长大后，福满给六个儿子分别成家立业，协助他们每人建立一个城池，因福满六子分居于六处，所以建州左卫及爱新觉罗氏家族的势力也因此不断扩大。
约在嘉靖中后期（1550年以后），福满年老去世，其第三子索长阿、第四子觉昌安先后承袭了建州左卫指挥使的官职。觉昌安在任时，为自己的第四子塔克世请婚于时任建州右卫首领的王杲（阿哈达之孙）之女喜塔腊氏，又把自己的女儿嫁给了王杲的儿子阿台，以维护建州左卫的生存。
从嘉靖三十六年（1557年）起，王杲不断出兵侵袭明朝边墙以内，先后杀明朝多位辽东镇守武将，侵扰辽东各城镇。而在王杲侵袭明朝边地的时候，觉昌安及其子塔克世为了建州左卫的利益和安全，也不得不依附王杲一同参与劫掠。但觉昌安在参与寇边时，又暗中与明军私下往来、传递信息，密报王杲的动向和入寇计划。
万历三年（1575年），鉴于王杲的入寇行为越来越猖狂，因此明辽东总兵李成梁奉命率辽东明军五万人，效法当年赵辅围剿李满住的方法，四路合围进逼王杲的建州右卫首城古勒寨（新宾县古楼镇）。在明军大兵压境之下，王杲只能仓皇逃窜，投靠了海西女真哈达部首领王台；但王台设计擒获王杲并绑缚送交给明军，之后王杲被押送至京师处死。
失去了首领的建州右卫首城古勒寨被李成梁一举攻破，当时在城内的觉昌安与其子塔克世因事先从交好的明军将领处得到了消息，因此提前离开古勒寨，躲过了这场祸事。但王杲的两个外孙——塔克世和王杲之女喜塔腊氏的长子努尔哈赤、次子舒尔哈齐因为恰好在古勒寨探亲，所以没来得及离开，被明军俘获并几乎被杀。
后来，李成梁得知了努尔哈赤、舒尔哈齐二人是建州左卫指挥使觉昌安的孙子，而觉昌安向来亲明、并给明军传递消息，所以李成梁没为难这两个少年（努尔哈赤此时十六岁，舒尔哈
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